Первоочередные задачи Ассоциации:
активное участие в реформировании и создании эффективной системы отечественного здравоохранения;
восстановление престижа профессии врача;
социальная поддержка врачей;
оценка безопасности, качества продуктов питания и эффективности средств и методов медицинского назначения;
предоставление обществу объективной информации о свойствах продукции, методах лечения и оздоровления, влияющих на здоровье;
участие в создании целостной системы, предоставляющей каждому гражданину страны возможность использования профессиональных знаний о здоровье;
пропаганда населению здорового образа жизни;
инновационная деятельность.
Развитие Ассоциации Заслуженных врачей происходит по межрегиональному принципу, через создание региональных отделений во всех регионах страны.
Цели и задачи являются основой в реализации Межрегиональной программы «Защита здоровья нации».