Ассоциация создана в целях поддержки и развития рынка лекарственного обеспечения Вологодской области, в частности, защиты конкуренции, координации предпринимательской деятельности членов Ассоциации, осведомления о новых изменениях в нормативно-правовых актах, а также представления и защиты общих имущественных интересов.
Ассоциация нацелена добиваться льготных ставок по страховым взносам (уменьшения с 34 до 14%), а также сохранения ЕНВД для аптек. При сложившейся в 2011 году ситуации, учитывая фиксированные надбавки на реализуемые лекарственные средства, данное повышение привело к убыточности и нерентабельности фармацевтического бизнеса. Кроме того, в случае отмены в 2013 году лицензирования фармацевтической деятельности, Ассоциация готова получать статус саморегулируемой организации (если будет введен данный способ контроля).