Традиционно за агентством закреплены функции по контролю и надзору в сфере санитарно-эпидемиологического благополучия работников промышленности с особо опасными условиями труда и населения отдельных территорий. В задачи агентства и его подразделений входило обеспечение медицинской безопасности при уничтожении химического и биологического оружия, сохранение здоровья работников некоторых отраслей, медицинское обеспечение закрытых территориальных образований, экстренная специализированная помощь при радиационных, химических и других авариях. ФМБА России также управляет государственным имуществом сфере здравоохранения и социального развития, предоставляет услуги в области донорства крови, поведения судебно-медицинской и судебно-психиатрической экспертиз, трансплантации органов и тканей человека, санаторно-курортного лечения.
Присутствовавшая на коллегии министр здравоохранения и социального развития Т.Голикова обозначила в своем выступлении новые функции ФМБА. В 2008 г. был начат новый проект в составе нацпроекта «Здоровье» - связанный с донорством крови и его компонентов, на ФМБА была возложена основная нагрузка по его выполнению. В структуре агентства есть современный Центр крови, достигший в своей работе определенных результатов. Теперь в ведение ФМБА перейдут станции переливания крови Росздрава. Проблема донорства крови стоит очень остро, но к 2011 г. согласно задачам, поставленным нацпроектом, в стране должна быть создана служба крови. Еще одна функция, которая полностью переходит в ФМБА, - это проведение медико-социальной экспертизы. Ранее агентство осуществляло ее только на подведомственных территориях, отныне будет на всей территории России. Одновременно принимается ряд законодательных актов, упрощающих эту процедуру, а значит, снижающую недовольство россиян оказанием данной услуги. ФМБА в своих подразделениях сумело внедрить гуманный подход при проведении МСЭК, теперь этот опыт предстоит применить на всей территории страны. ФМБА передан и ряд клинических объектов, которые занимаются схожей деятельностью.