Помимо финансового обеспечения, соглашение устанавливает условия реализации программы модернизации здравоохранения. Общий объем финансирования программы составит около 12,5 млрд руб. Средства будут направлены из Федерального ФОМС – 8,4 млрд руб., из территориального фонда ОМС – 3,4 млрд руб., из консолидированного бюджета Иркутской области – 645 млн руб.
Приоритетами программы определены снижение смертности населения, повышение доступности и совершенствование оказания медицинской помощи. Программа предусматривает укрепление материально-технической базы медицинских учреждений, внедрение современных информационных систем в здравоохранение и внедрение стандартов оказания медицинской помощи. Кроме того, значительное внимание уделяется вопросам профилактики, развития амбулаторно-поликлинической службы и неотложной помощи.