Отдельного внимания заслуживает вопрос обеспеченности больниц лекарственными средствами и изделиями медицинского назначения. Стабильное медикаментозное обеспечение является показателем качества медицинской помощи. Фонд ежегодно увеличивает финансирование по статье «Медикаменты». Так, в 2007 г. сумма расходов фонда на эти цели составляла 781,8 млн руб., в 2008 г. — 1470,9 млн руб., а в 2009 г. — уже 1883,3 млн руб.
Кроме направления существенных финансовых средств на приобретение медикаментов, специалисты фонда также помогали больницам экономить значительные суммы на их приобретение у фармацевтических компаний и поставщиков. В 2009 г. благодаря проведению торгов удалось сэкономить в общей сложности 286,6 млн руб. Сэкономленные деньги остаются в медицинских учреждениях.
Значительно расширился и перечень лекарственных средств и изделий медицинского назначения, закупаемых централизованно. Он составил 1479 наименований.